L'aquarium des lagons est conçu pour fonctionner en eau de mer naturelle.

Afin d'offrir les meilleures conditions de vie aux animaux hébergés, le traitement de l'eau de l'Aquarium des lagons fait l'objet de beaucoup d'efforts techniques et humains.
La clarté et la stabilité de l'environnement aquatique étant une des clés de la bonne santé des animaux, l’Aquarium des lagons s'est doté d'un laboratoire équipé du matériel nécessaire au suivi des paramètres physico-chimiques de l'eau.

Afin de garantir une qualité sanitaire et comportementale des animaux, l'Aquarium des lagons dispose d'une zone de quarantaine et de réserves de 35 à 40 m3 inaccessibles aux visiteurs. Cette partie de l'aquarium est utilisée dans différentes situations :

• Pour l'acclimatation des pensionnaires et éventuellement leur convalescence en cas de blessure avant leur transfert dans les aquariums d'exposition

• Pour les visites du vétérinaire, qui peut éventuellement être amené à dicter la posologie et le protocole d'application de substances pharmaceutiques dans le cas de traitement d'animaux malades

• Pour l'élevage :
  • Le grossissement des post-larves
  • Le grossissement des tortues
  • Le grossissement et le développement des animaux jusqu'à un niveau de croissance leur permettant de cohabiter avec d'autres espèces de pensionnaires (ex. requins)
  • Le bouturage des coraux

L’aquarium s’attache à expérimenter ou à poursuivre la reproduction de plusieurs espèces.

Reproduction des nautiles :
le projet consiste à étudier l’influence de la température sur l’incubation des œufs de nautile. Un des résultats collatéraux sera l’exposition de bébés nautiles au public. Il faut compter environ une année d’incubation avant d’assister à la naissance.

Reproduction du corail :
après les premiers essais de captage de planula en 2009 et des tests sur la colonisation de différents substrats, l’aquarium a développé des actions en collaboration avec le WWF. En ce qui concerne cette opération, l’objectif de l’Aquarium des lagons est de travailler sur la récupération de larves de corail pour aboutir au développement de colonies ex situ. L’avantage d’utiliser les produits de la reproduction sexuée par rapport à la méthode classique (bouturage) est, en effet, de maintenir la diversité génétique de ses peuplements. A travers ce projet l’Aquarium des lagons est membre de l’association SECORE, qui regroupe de nombreux aquariums avec, pour objectif, de développer et promouvoir ce savoir faire au sein de ces établissements mais on peut facilement imaginer une utilisation future dans la restauration récifale.

Enfin, cette première expérimentation, de nature plutôt technique, ouvre la voie à d’autres projets à caractère plus scientifiques qui s’inscriront dans la continuité des travaux menés à l’aquarium depuis plus de 50 ans, notamment par le Dr. Catala, fondateur du premier aquarium de Nouméa et découvreur de la fluorescence des coraux.