Les établissements zoologiques, et donc les aquariums, participent depuis toujours à une meilleures connaissance de la faune par le grand public, et contribuent ainsi à sa protection, puisqu’on ne protège bien que ce que l’on connaît bien. Cette mission fondamentale dépasse de beaucoup le simple fait de présenter des animaux. L’aquarium des lagons a mis en place des programmes pédagogiques spécifiques de sensibilisation et développe des actions ciblées dans ce domaine.

Le rôle premier de l’aquariums des lagons est de faire découvrir la beauté et la diversité de la vie aquatique de Nouvelle-Calédonie, en offrant au visiteur une représentation aussi fidèle que possible des organismes dans leurs milieux naturels. L’ancienne structure de l’aquarium de Nouméa était une référence en terme de site touristique le plus visité. Dans les nouvelles installations, le nombre annuel de visiteurs,devrait pouvoir passer à 100 000 visiteurs par an. Quoiqu’il en soit, l’augmentation du nombre de visiteurs n’est pas une fin en soi. Le nouvel aquarium devra en effet s’évertuer à perpétuer la qualité et la diversité de ses bacs qui ont fait la notoriété de l’ancienne structure afin de satisfaire une clientèle plus avertie.
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Au delà de l’animation touristique, l’aquarium se doit également de contribuer à la sensibilisation du public aux problèmes environnementaux auxquels pourront être confrontés les différents milieux aquatiques dans les prochaines décennies. D’autant plus que la Nouvelle-Calédonie s’est engagée dans une procédure de demande de classement de certaines parties de ses récifs sur la liste du patrimoine mondial.
Dans cette perspective, l’aquarium s’appelle dorénavant « l’aquarium des lagons » et servira de vitrine aux différents écosystèmes et surtout d’outil pour en comprendre leur fonctionnement.
Afin d’assurer la transmission de ces savoirs, l’aquarium devra s’évertuer à participer à toutes les initiatives en matière de conservation des écosystèmes aquatiques et également de développer ses propres programmes de recherche finalisée.

Dans sa nouvelle configuration, l'aquarium a accordé une place importante au développement de projets éducatifs, pour offrir une large vision de la mer et du monde sous marin avec toujours l’objectif composite associant la recherche scientifique et la pédagogie. Une équipe pédagogique, bénéficiant de matériel didactique et audiovisuel, est chargée de rapprocher les écoliers de tous les âges du milieu marin.
Des visites et des ateliers pédagogiques seront ainsi organisés régulièrement. L’équipe de l'aquarium a développé une série des livrets pédagogiques adaptés à tous les niveaux scolaires.
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Si les précieux apports et l'incessante inquiétude des scientifiques de l'époque s'est traduit par la mise en évidence de la fluorescence et la publication de plusieurs articles qui ont contribué à la renommée l’aquarium de Nouméa, la recherche scientifique est peut-être l'un des aspects le moins développés dans l’évolution historique de l’aquarium. La réhabilitation de l’ancien pavillon des coraux fluorescents en laboratoire de recherche et l’intégration d’une plateforme polyvalente dans la zone technique (écloserie et grossissement) va permettre le développement des collaborations avec les instituts de recherche locaux et internationaux, et ainsi d’ancrer de nouveau l’aquarium dans la recherche scientifique et donc de contribuer comme il se doit à l’amélioration des connaissances des milieux aquatiques calédoniens.
Ces savoirs seront immédiatement valorisés et transférés au public par les animateurs pédagogiques.